2004/05 시즌부터 UEFA 컵에는 전통적인 2차전 토너먼트에 조별 라운드를 추가하는 새로운 방식이 도입됐으며, 결승전은 계속해서 단판 승부로 치러진다.

달라진 방식
두 차례의 예선 라운드와 본선 1라운드를 통과한 40개 클럽이 조별 라운드 경기를 치르게 된다. 이 단계에서는 8개 조로 나눠진 각 조의 5개 팀이 홈경기와 원정경기를 2차례씩 치른다. 1, 2, 3위 팀들이 토너먼트에 진출해 UEFA 챔피언스 리그 조별 라운드에서 3위에 오른 8개 클럽과 겨루게 된다.

결선 토너먼트
이 단계부터 홈 앤드 어웨이 방식의 32강 토너먼트가 시작된다. 2경기를 합해 더 많은 골을 넣은 클럽이 다음 라운드에 진출한다. 양 팀의 득점 수가 같을 경우에는 원정경기에서 더 많은 골을 넣은 팀이 진출권을 얻게 된다.

결승전
결승전에서는 단판 승부로 승자를 가린다.